《指引》要求，按照完整的生態循環農業鏈條進行項目設計，項目建設原則上須包括畜禽養殖廢棄物資源化利用、農副資源綜合開發、標準化清潔化生產等三部分內容，同時兼顧資源利用的多樣化和廢棄物處理的不同方式。

在具體項目設計時，項目單位可根據區域和自身條件，在完整設計的項目建設內容中，圍繞關鍵環節、關鍵措施、關鍵技術，進行菜單式選擇和搭配。

就投入規模而言，《指引》明確提出，單個項目中央財政資金投入控制在1000萬元左右（地方財政資金投入比例高的省份可適當降低中央財政資金投入規模，全部財政資金投入控制在1500萬元左右）。